各區國稅局已將企業外派大陸等地的員工薪資及福利等費用，列為查核重點。企業可以考慮由大陸分支機構支付台幹薪水，並讓派駐大陸的員工在當地繳稅，以降低兩岸同時被查稅的風險。不少從台灣派往大陸的幹部常年待在大陸，為享受台灣的勞、健保及退休金等福利，依舊由台灣總部支付薪水等相關費用。
不過，台灣的國稅局認為，台幹的薪資、勞健保等費用，不應由台灣總部支付 。大陸稅務局也會認為，大部分時間待在大陸的台幹應該要在大陸繳交個人所得稅。隨著大陸實施新企所稅法，加上兩岸都實施移轉訂價查核，台幹薪資及福利支出的列報問題，將成為兩岸稅務局日益重視的議題 。未來台商應該考慮由大陸分支機構直接支付台幹薪水及相關的福利支出，以降低大陸分支機構的公司所得稅負，同時避免被台灣的國稅局查核補稅；另一方面，也要讓台幹在大陸當地繳交個人所得稅，以降低被大陸稅務局查稅的風險。
智慧財產權的歸屬及授權費用認列問題，也會是未來台商面對兩岸、甚至全球稅務機關查稅的主要困擾之一，及早規劃智慧財產權合理價值及費用分攤議題，可以避免成為各地稅務機關的查稅目標。
過去台商習慣將台灣的研發成果移給大陸工廠生產，但卻未收取任何費用，將會被台灣的國稅局列為移轉訂價的查核對象。大陸新企所稅法實施後，台商如將利潤留在第三地、卻未在當地實際營運的話，將被視為是大陸的居民企業，必須要向大陸稅務局繳稅。而台灣總部應該也有協助第三地接單的功能，台灣的國稅局也會要求台商應該要分配合理的利潤給台灣總部。
台商因應大陸移轉訂價查核，要即早準備移轉訂價報告，今年開始未依規定在30天內繳交移轉訂價報告者，除被調整移轉訂價稅額之外，每年還要加收5%的利息處罰，由於大陸移轉訂價可回溯長達十年，最嚴重可以加收到50%利息的罰款。
目前大陸移轉訂價查核的交易類型，已從一般貨物買賣擴大到權利金、佣金和技術服務費，關係企業間的服務費及管理更是查核重點，預計今年起無形資產的稅額調整幅度將會更大。移轉訂價查核從選案到結案，必須經過四層審核，最高層級為國家稅務總局，台商在大陸接觸的多只有地方稅局，但查核技術層面多在省局、市局，因此台商千萬不可掉以輕心。如果台商已被調查過移轉訂價，可以順勢和稅務局簽訂預先訂價協議（APA），定下以後的合理利潤，減少雙方爭議。
深圳稅務局官員指出，移轉訂價要準備多少，端看企業關聯方交易的多寡，是否符合商業目的，以及是否符合獨立交易的要求。大陸稅務局在查核移轉訂價時，會先看公司關聯交易量有多少，接下來再檢視是否勾選「已準備移轉訂價報告」，如果沒有準備報告，或在大陸利潤低、甚至虧損，移轉訂價的稅務風險就很高。很多台商都是等到大陸稅務局來跟公司要資料，才匆匆忙忙請會計師幫忙編寫移轉訂價報告，但是大陸稅務局要求繳交報告的期限是30天內，根本來不及準備，尤其台商在大陸的經營規模如很大，又牽涉複雜的關連交易，至少需兩個月才能製作完整的移轉訂價報告。
大陸今年元旦實施新企業所得稅法，取消外資租稅優惠；台灣也將進行配合促產落日後的所得稅制改革，將大部分企業適用的名目營所稅率由25%調整為17.5%。最近兩岸密集的所得稅制改革，將對台商產生重大衝擊，企業應以全球布局著眼，全面考量台灣總部和各分支機構的功能配置，作最合理的利潤安排，將租稅風險降至最低。
過去很多台商申請設立台灣營運總部，以適用匯回海外盈餘等收入免稅的規定，但在財政部實施最低稅負制後，形同無用。不過，未來營所稅率調整為17.5%後，企業申請營運總部租稅優惠是否真的有利，除了考量台灣的營所稅率高低、營運總部租稅優惠、最低稅負外，還要考量大陸匯出盈餘課徵10%預提所得稅的問題。如果，匯回盈餘等海外收入的地點不是大陸，而是美國或歐洲等其他地區，還需要把當地的扣繳（通常扣繳稅率是20%）稅負納入考量。
台商需要面對的稅務問題
(2008-03-25)
